Bất chấp lời cảnh bảo của các nhà khoa học về khả năng hai cực của Trái Đất sẽ bị xoắn lại, hai cường quốc lớn vẫn lao vào cuộc chiến tranh sử dụng lực từ. Động đất và sóng thần xảy ra, phá hủy phần lớn nền văn minh nhân loại.
Tenma, Alone và Sasha là 3 người bạn thân thiết từ thuở ấu thơ. Số phận chia cắt 3 họ ở những độ tuổi khác nhau và cũng chính số phận cho họ hội tụ lại, nhưng giờ không phải dưới danh nghĩ 3 người bạn thời thuơ ấu nữa mà là Thánh Đấu sĩ cung Thiên Mã - Tema, Minh Vương Hades - Alone và Nữ Thần Athena - Shasa.
bối cảnh một đất nước trong tương lai không xa, hoạt động địa chất đã khiến trung tâm Tokyo rung chuyển dữ dội, khiến cho một phần thành phố bị chôn vùi trong đất cát.Chính hiện tượng này buộc con người trong thế giới thời bấy giờ phải sử dụng đến một phát minh khoa học là bộ giáp ngoài-khung xương bọc thép siêu mạnh mang tên “Willware” được phát triển để hỗ trợ cùng với các nỗ lực tái thiết.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Trong tương lai không xa, một thể tồn tại bất tử, vô giới tính mới tên là Gem, bắt đầu sinh ra trên Trái Đất. 28 Gem phải chiến đấu với Moon Dweller (Những người sống trên mặt trăng), những kẻ địch thường bắt cóc họ và biến nhwungx Gem thành đồ trang sức.