Nhiệm vụ T là một hoạt động tình báo có vai trò cứu thế giới khỏi sự lụi tàn! Nhân vật chính là Negoro Botan, người được đào tạo thành Ninja từ khi còn nhỏ và được nuôi dạy như là đặc vụ tình báo giỏi nhất. Botan hợp tác cùng một đặc vụ tình báo khác, và tiếp nhận nhiệm vụ mang định mệnh toàn cầu.
Ippo tiếp tục bảo vệ danh hiệu Vô địch hạng lông của Nhật Bản trước các đối thủ mạnh mẽ hơn bao giờ hết. Trong khi đó , Takamura thách thức cho danh hiệu WBC lần tthứ hai của mình ở hạng trung quyền anh , và Aoki thách thức chức vô địch quyền anh hạng nhẹ của Nhật Bản.
Kokonose Chuta "lẩm bẩm" không có nhiều bạn bè, mà thực ra, ngoại trừ người thân thì người duy nhất cậu nói chuyện là giọng nói trong đầu cậu. Dần dần thì cậu cũng nhận ra không phải cậu bị điên, chỉ là có một người ngoài hành tinh sống trong cơ thể cậu.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
cuộc sống bình dị thường ngày của các thành viên thuộc đơn vị 501. Họ nấu nướng, dọn dẹp, sống cuộc sống vui vẻ mỗi khi Neuroi chưa bắt đầu cuộc tấn công tiếp theo. Câu chuyện kể về những sinh vật ngoài hành tinh với tên gọi là Neuroi đã đến xâm lược Trái Đất.