Cốt truyện xoay quanh cậu bé tên Ueki được trao cho sức mạnh siêu nhiên để tham gia vào các trận thi đấu để trở thành vị thần kế vị trên thiên đàng, cậu bé đã dần dần tập họp được một nhóm khi tham gia cuộc thi và họ đã cùng nhau chiến đấu vì lý tưởng của mình.
Trong thời kỳ phong kiến của Nhật Bản, có một cuộc chiến giữa hai gia tộc ninja: Byakuro và Kabusu. Một đêm, Kabusu tổ chức một cuộc tấn công dữ dội vào lâu đài Byakuro với hy vọng bắt cóc công chúa trẻ sơ sinh của gia tộc.
Câu chuyện kể về một thế giới nơi đột nhiên lục địa mới tên là Magmell đột nhiên xuất hiện trong đại dương. Một kỷ nguyên khai phá mới được mở ra. Các nhà thám hiểm đã đến hòn đảo này để tìm ra các dạng sống và tài nguyên chưa được biết tới trước đó và bộ truyện sẽ kể về chàng trai trẻ tuổi kiếm sống bằng nghề cứu trợ và giúp đỡ các nhà thám hiểm này
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.