Câu chuyện xảy ra trong một thời đại mà các thảm hoạ nhiên thường xuyên diễn ra khắp thế giới, khi mà cyborg hay các robot tự động đang dần xuất hiện trên các thị trường của các quốc gia phát triển công nghệ cao, và các cường quốc đấu đá lẫn nhau vì công nghệ và tài nguyên. Khi đó, sự phân biệt giàu nghèo càng trở nên gay gắt hơn. Kẻ giàu thì trở nên kiêu ngạo,còn kẻ nghèo thì càng trở nên khốn khó hơn
Hai mươi năm trước, một tiểu hành tinh trên đường tiến đến Trái đất đã phá hủy Sao Diêm Vương, khiến các tiểu hành tinh trong quỹ đạo Sao Diêm Vương (gọi là Thanatos) tạm thời trì trệ.
Mười năm sau khi Inazuma Nhật Bản đoạt chức vô địch Football Frontier thế giới, danh tiếng bóng đá Nhật đã gia tăng đáng kể. Ngôi trường Raimon ngày nào giờ đã nổi tiếng về đào tạo bóng đá. Đây là câu chuyện về những người hùng mới của Raimon, họ phải đối mặt với những biến cố mới trong giới bóng đá.
Trong thời kỳ loạn lạc cuối thời Mạc phủ Tokugawa, xuất hiện một sát thủ khiến thiên hạ đều phải khiếp sợ với danh xưng “Hitokiri Battousai”. Thời đại chuyển biến sang một trang sử mới, sát thủ lừng lẫy một thời cũng dần dần biến mất khỏi nhân gian và hắn cũng được thiên hạ mệnh danh là “Kẻ mạnh nhất” trong lịch sử.
Reki, một nam sinh cao trung năm hai yêu thích lướt ván và bị cuốn vào “S”, một cuộc đua trượt ván ngầm và nguy hiểm ở một khu mỏ bỏ hoang không có luật lệ. Ranga, người trở về Nhật Bản từ Canada và chưa bao giờ lướt ván trước đây cũng đã bị cuốn vào cuộc chơi “S” cùng với Reki.