Hai đặc vụ bí mật Éclair và Lumière của Encounter of Shadow-work (ES) đã từng tham gia vào cuộc chiến để quyết định số phận của nhân loại trong dải ngân hà. Họ giành chiến thắng và hòa bình được lập lại. Giờ đây, sau một vài năm, dải ngân hà một lần nữa lại đứng trước bờ vực của sự hỗn độn. Cuộc chiến này sẽ có sự xuất hiện của hai người anh hùng mới: Ascoeur và Q-feuille
Vào một đêm hè 2006, khi còn là hai chú bé, hai anh em Mutta (1993) và Hibito (1996) đã nhìn thấy một vật thể lạ bay tới mặt trăng. Họ đã quyết định trong đêm đó rằng tương lai sẽ trở thành những phi hành gia bay vào vũ trụ. Năm 2025, Hibito đã trở thành một phi hành gia và chuẩn bị bay lên mặt trăng.
Đánh nhau, điều khiển robot, giải phóng quê hương đất nước. Sometime in the distant future, mankind is forced to live in domed cities while the rest of the world is left to recover from years of environmental hardships. In the Siberian Dome-polis, professional gamer Gainer Sanga and mercenary Gain Bijou commandeer an Overman and lead a mass exodus out of the city.
Dựa trên trò chơi nhập vai hành động của trường COLOPL. Vào năm 2045. Thế giới đã bị ô nhiễm bởi Irousu (kẻ xâm lược bí ẩn đột nhiên xuất hiện), và con người thấy mình bị hạn chế và thế là chống lại những kẻ xâm lược là những cô gái bình thường ở khắp mọi nơi, không có quân đội hùng mạnh hoặc thậm chí vũ khí.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ