Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
Trái Đất trong quá khú đã bị người ngoài hành tinh xâm chiếm. Trong khi lực lượng phòng thủ Trái Đất gần như thất bại, một thế lực bí ẩn lấy hình dạng con người xuất hiện và cứu nguy mọi người.
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Câu chuyện bắt đầu với một ngôi sao đang đánh rơi phong độ và bắt đầu khóa huấn luyện để tìm lại chính mình ở Okinawa. Và ở đó, anh đã gặp một ngôi sao khác với biệt danh " One Outs ". Chuyện gì sẽ xảy ra với họ? Theo dõi sẽ rõ
Một thành phố hư cấu có tên Kazamatsuri, chính sách bảo vệ cây xanh và trồng rừng đã biến nơi đây thành thiên đường xanh mát với nhiều thảm cỏ và hoa trên đường tương tự như những tòa nhà mọc chen chút nhau trong các thành phố lớn.