“Con mèo của chúng ta có thể sẽ biến thành nekomata…” Một thị trấn nông thôn nơi yêu quái, con người và các vị thần sống cuộc sống bình thường hàng ngày, xen lẫn một chút ấm áp và đôi khi là bí ẩn.
26 năm trước, ở một phòng học năm ba của một trường trung học, có tồn tại một học sinh mang tên Misaki. Với tư cách là một học sinh danh dự, vừa giỏi thể thao lại rất xinh xắn nên rất được bạn bè trong lớp mến mộ. Thế rồi sau cái chết bất ngờ của cô gái xấu số, bạn bè trong lớp quyết định cứ vờ như thể cô ấy vẫn còn hiện diện trong lớp cho đến tận lễ tốt nghiệp. Vào mùa xuân năm 1998, có một cậu bé tên là Sakakibara Kouichi được chuyển qua học đúng phòng học đó, cậu bé bắt đầu cảm thấy nghi ngờ
Miko là một học sinh cao trung điển hình có cuộc sống đảo lộn khi cô đột nhiên bắt đầu nhìn thấy những con quái vật ghê rợn và gớm ghiếc. Mặc dù hoàn toàn vô cùng sợ hãi, Miko vẫn tiếp tục cuộc sống hàng ngày của mình, giả vờ không để ý đến nỗi kinh hoàng đang bao quanh cô.
Sau sự sụp đổ của tổ chức Museum, tuy việc sản xuất và phân phối Gaia Memory, thiết bị cho người sử dụng khả năng biến thành quái vật với sức mạnh to lớn, đã bị ngưng lại. Dù thế nhưng các Gaia Memory còn sót lại vẫn được bán tại chợ đen và tiếp tục gây ra những hiện tượng kì lạ cho thành phố Fuuto.
Khi còn là một cô bé, Kotoko đã bị youkai bắt cóc. Những youkai này đã biến cô thành kẻ trung gian mạnh mẽ giữa hai thế giới, nhân – yêu. Nhưng sức mạnh nào thì cũng phải trả cái giá đắt cho nó, một con mắt và một cái chân chính là cái giá mà Kotoko phải trả