Chuyện kể rằng thiên đình năm ấy xảy ra đại nạn. Thiên Minh Châu, bửu bối của Đế Thích bị một yêu tinh đánh cắp. Trên đường tẩu thoát, vì hao tổn công lực, tên yêu tinh ấy buộc phải giả thành mèo đen để lẩn trốn…
Khi Joseph được cha mẹ cho một chiếc áo khoác đẹp, 10 anh em của cậu ghen tị, âm mưu bán cậu cho các thương gia sa mạc đang trên đường tới Ai Cập. Cậu trở thành nô lệ của vị tổng chỉ huy thị vệ trong cung Pharaoh. Không chỉ thông minh, Joseph còn được thiên phú khả năng giải mộng. Chính nhờ khả năng này anh đã tự cứu mình thoát khỏi ngục tù trong một lần bị vu oan và giúp Pharaoh thịnh trị đất nước.
Câu chuyện này diễn ra vào khoảng thời gian giữa 2 phần Madagascar và Madagascar 2, bao gồm các nhân vật đã quen thuộc với khán giả. Phim bắt đầu khi Ông già Noel và các con tuần lộc gặp sự cố trong lúc hạ cánh xuống một hòn đảo. Sau cú va đập đó, ông đã mất trí nhớ nên không thể tiếp tục công việc phân phát quà của mình. Vì vậy, Alex, Marty, Melman, Gloria và nhóm chim cánh cụt đã thay ông đảm nhận trách nhiệm này. Thế rồi bao nhiêu tình huống dở khóc dở cười đã xảy ra trong suốt quá trình làm
Tại sao phải giết người tốt, cứu người xấu? Vì muốn tìm thấy câu trả lời mà Đinh Quả và sư phụ Lương Diễn bắt đầu hành trình truy tìm tung tích hoa Bỉ Ngạn, vừa gian nan vừa hiện thực
Sau khi giành chiến thắng trong một chương trình tìm kiếm tài năng địa phương, cuộc hành trình của Beat Bugs để cạnh tranh trong "The Bug Factor" - một cuộc thi hát trên truyền hình được tổ chức tại công viên Rocket Ship.