Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Vào năm 2043, Infinite Dendrogram – game thực tế ảo online thành công đầu tiên trên thế giới – đã được ra mắt. Bên cạnh khả năng mô phỏng 5 giác quan một cách hoàn hảo, cùng với những tính năng đặc sắc, game hứa hẹn sẽ mang lại cho người chơi một thế giới với những khả năng bất tận.
Bất chấp lời cảnh bảo của các nhà khoa học về khả năng hai cực của Trái Đất sẽ bị xoắn lại, hai cường quốc lớn vẫn lao vào cuộc chiến tranh sử dụng lực từ. Động đất và sóng thần xảy ra, phá hủy phần lớn nền văn minh nhân loại.
Một nữ sinh tự sát và sau đó Lain nhận được mail từ cô gái đó bảo rằng cô ta vẫn chưa chết, chỉ là đang sống ở một thế giới gọi là Wired, nơi có Chúa ở đó. Một bộ phim ko dành cho những ai muốn thư giãn đầu óc với anime
Bộ anime sẽ dựa trên câu chuyện từ Soukou Musume Mizel Rem Crisis, phiên bản làm lại của tựa game được nhượng quyền ra mắt vào ngày 21 tháng 5.