Câu chuyện bắt đầu khi cậu bé Shindou Hikaru tình cờ đến nhà ông nội và bắt gặp 1 chiếc bàn cờ vây cổ, không ai nhìn thấy vết máu trên bàn cờ ngoài cậu. Sau đó, cậu đã gặp Fujiwara no Sai, 1 kỳ thủ cờ vây đến từ thời đại Heian, vốn là 1 người dạy cờ vây cho nhà vua, nhưng bị 1 người dạy cờ khác ganh ghét hãm hại, nên bị đuổi khỏi thành.
Câu chuyện kể về cuộc phiêu lưu của người Do Thái hình con thỏ, người bạn tốt nhất của cô, Airi Kirara và những người Do Thái khác trong sứ mạng của họ để khôi phục Lâu đài Jewel, đã rơi từ bầu trời xuống giữa thành phố vì thiếu nhân loại niềm tin vào ma thuật. Để khôi phục niềm tin của mọi người vào ma thuật, Jewelpets biến thành con người để nghiên cứu thêm về chúng.
Câu chuyện xoay quanh anh chàng thám tử “điên” KAMONOHASHI Ron và thanh tra mới vào ngành ISSHIKI Totomaru. Từng là một thám tử nổi tiếng, thế nhưng Ron lại quyết định ở ẩn và không tham gia phá án chính vì vậy, nhiều người đã đồn rằng anh ta là một chàng thám tử điên rồ.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Nhà phát triển trò chơi di động Cygames đã mở một trang web chính thức cho một anime truyền hình có tên Shingeki no Bahamut: Manaria Friends. Ban đầu nó được lên kế hoạch cho năm 2016 nhưng đã bị hoãn vô thời hạn. Nó là bản chuyển thể của một sự kiện nổi tiếng, Manaria Mahou Gakuin (Học viện ma thuật Manaria), trong trò chơi xã hội Shingeki no Bahamut