Được diễn ra trong tương lai ,phần lớn những người sử dụng ” đồ chơi ” mang đến cho họ những khả năng siêu phàm như ESP và Telekinesis. Điều này đã dẫn đến sự gia tăng tội phạm vì ai củng có được những khả năng này.Nhu cầu sử dụng đồ chơi thám tử để theo dõi tội phạm và đưa chúng ra trước công lý ngày càng lớn mạnh hơn.
Câu chuyện xoay quanh những con người ở Thái Vân quốc, vẽ nên bức tranh tuy chân thực nhưng cũng đầy chất thơ về một thời đại cổ xưa. Ở nơi đó, vị Hoàng đế 19 tuổi đăng cơ sau khi cuộc chiến ròng rã tranh đoạt ngai vàng của Hoàng thất vừa kết thúc. Gánh trách nhiệm giang sơn trên vai, Hoàng đế Shi Ryuuki lại chỉ một lòng muốn đem ngôi vị nhường lại cho người Hoàng huynh lưu lạc đã lâu, từ đó sinh ra chểnh mảng việc nước, khiến cho bá quan đều cảm thấy bất phục.
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
In ancient times, a group of young men devoted their lives to protecting Athena, the Goddess of Wisdom and War. These men were capable of fighting without weapons—a swing of their fist alone was powerful enough to rip the very sky apart and shatter the earth beneath them. These brave heroes became known as Saints, as they could summon up the power of the Cosmos from within themselves.
Trong năm 2059, trái đất đã bị người ngoài hành tinh xâm nhập trong nhiều năm. Trong một nỗ lực để tìm hiểu thêm về những người ngoài hành tinh này, Tiến sĩ Noguchi và các trợ lý Maki Agata và Takuto Kaneshiro cố gắng hồi sinh một người ngoài hành tinh cơ học lớn tên là Frank.