Sự kiện bắt đầu bằng việc 7 đứa trẻ đi chơi núi nhưng đột nhiên họ bị hút vào 1 thế giới khác . Ở đó họ trở thành “những đứa trẻ của định mệnh” và mỗi nguời đều có 1 con thú Digimon bên mình và cả bọn phải chống lại thế lực tà ác do các Digimon xấu gây nên
Cha mẹ cô bé Chizuko Mikamo chết sớm, để lại cho cô gia sản kếch xù. Vì thế, bà cô độc ác hằng ngày đầu độc cô bé, với hi vọng cô sẽ từ từ lâm bệnh mà chết, để bà ta một tay hốt hết tất cả. Thế nhưng, một ngày nọ, siêu trộm lừng danh, biệt hiệu Kaijin Nijuu Mensou (Quái nhân 20 bộ mặt) đến viếng dinh thự nhà Mikamo, tuyên bố sẽ lấy cắp thứ đáng giá nhất trong nhà này, và đó chính là Chizuko. Từ đó, cô bé bước chân vào một chuỗi những cuộc phiêu lưu thú vị mà trước đó, cô chỉ dám mơ ước tới mà
In the kingdom of Forland, a coup detat occurs which leads to the death of the King. In the last moments of his life, the King sends his only child, Princess Alita Forland to escape. Unfortunately, while fleeing, a life and death situation between Alita and the bloodthirsty bounty hunter Falis causes the two of them to switch bodies
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Ở Akihabara, khu vực mua sắm bị xâm chiếm bởi những sinh vật gọi là "Synthisters", chúng săn những người bảo vệ Akihabara để ăn năng lượng và sống sót. Kẻ thù "Synthisters" sẽ bị đánh bại khi tiếp xúc với ánh nắng mặt trời, vậy nên phải lột quần áo chúng.