Câu chuyện về ba lính cứu hỏa trẻ có sứ mệnh cứu Nhật Bản ngày càng phát triển về mặt tinh thần! Toake Daigo bùng cháy với tài năng vượt trội và lòng quyết tâm vô song. Onoda Shun cố gắng chống lại những bức tường chặn đường của chính mình.
Năm U.C 0087, 7 năm sau One Year War. Titan, một tổ chức tập trung tất cả tinh túy của Earth Federation được thành lập nhằm tiêu diệt những thế lực chống đối. Tuy nhiên Titan sớm trở nên mất kiểm soát, thi hành những chính sách tàn bạo với cả Trái Đất và không gian. Để chống lại Titan, những người dân bất mãn, thành viên cũ của Zeon và cả những người lính Federation tập hợp lại và thành lập tổ chức Anti-Earth Union Group hay AEUG. Một cuộc chiến mới đã bắt đầu.
nơi hoa anh đào nở rộ trong khi cây cối nhuộm màu lá mùa thu. Tại nơi đặc biệt này, nơi xuyên không gặp thế giới linh hồn, một nghi thức cứu nhân loại sắp bắt đầu ... Học sinh trung học Kakeru Miwa, bởi một sự kiện kỳ lạ, trở thành một thành viên bất thường của một đội phù hợp với sức mạnh được giao nhiệm vụ chiến đấu với Oni
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.