Trong thời kỳ loạn lạc cuối thời Mạc phủ Tokugawa, xuất hiện một sát thủ khiến thiên hạ đều phải khiếp sợ với danh xưng “Hitokiri Battousai”. Thời đại chuyển biến sang một trang sử mới, sát thủ lừng lẫy một thời cũng dần dần biến mất khỏi nhân gian và hắn cũng được thiên hạ mệnh danh là “Kẻ mạnh nhất” trong lịch sử.
Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
bối cảnh thành phố Tokyo hiện đại trong tương lai.Một trường trung học cơ sở biến thành một trạm quản lí thời gian và không gian ở thế kỉ 24.Ở nơi này mọi người có thể đi đến tương lai và quá khứ để tìm hiểu được lịch sử, những kiến thức mà học sinh được học thực chất là một lời nói dối và buộc họ phải tìm về với những ngày xưa để biết thêm về nó.
Kaname Sudou, một học sinh cao trung, người đã bị hút hồn vào một trò chơi bí ẩn có tên là “Trò chơi của Darwin”. Cậu đã tham gia vào một trò chơi đời thường nơi mà quyết định sự sống hay cái chết.
Cách đấy không lâu vua quỷ hùng mạnh đã chiến đấu cùng anh hùng và bị anh ấy hạ gục. để phòng ngừa thảm họa này lần nữa học viện Rosewood đã bắt đầu huấn luyện các anh hùng tuogw lai. một học sinh mới chuyển trường mới tình tính hời hợt nhưng với sức mạnh vượt trội.