Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Câu chuyện xoanh quanh cậu học sinh tên Naoe Riki. Cha mẹ của Riki qua đời từ khi còn nhỏ, bỏ lại cậu bơ vơ và tủi hờn. Thế rồi cậu được cứu bởi một nhóm trẻ cũng chạc tuổi cậu, gồm 3 con trai và một con gái, gọi là Little Buster. Nhóm trẻ này chuyên chiến đấu chống lại quỷ dữ và thực thi công lý. Trưởng nhóm là Natsume Kyousuke, có cô em gái tên là Rin. Hai thành viên kia là Inohara Masato và Miyazawa Kengo. Họ là bạn, nhưng đồng thời cũng là đối thủ. Họ đã ở bên Riki những khi cậu cần, đưa
chuyện về một thế giới tương lai vào năm 2577.Khi con người đã đạt đến những tầm cao mới trong những thành tựu về khoa học và kĩ thuật, các nhà khoa học tài năng đã tìm cách biến sao hỏa thành một thực thể sống để có thể đưa con người lên định cư trên sao hỏa, những điều đó thật quá hoang đường ở hiện tại.
Giữa những bức tường bao quanh, các thanh niên sẽ được nuôi dưỡng bởi các robot. Mặc dù cuộc sống ở đó có thể khá đơn sơ, nhưng theo nhiều cách, nơi đây lại giống như một lát cắt của thiên đường. Ở thế giới bên ngoài thì không khác gì một địa ngục trần gian, nơi sinh sống của những sinh vật kỳ dị và tràn đầy sức mạnh
Dựa theo cuốn tiểu thuyết nổi tiếng "Bá tước Monte Cristo" của nhà văn Alexander Dumas Gankutsuou lại lấy bối cảnh ở tương lai, khi con người có thể di chuyển dễ dàng qua các hành tinh Bắt đầu từ việc Albert - một quý tộc đến từ Paris lên mặt trăng tham dự lễ hội hóa trang. Tại đây, cậu gặp bá tước Monte Cristo - một bá tước giàu có nhưng đầy bí ẩn - và nhanh chóng kết thân với con người lạ mặt này. Để cảm ơn cứu mạng của bá tước trước băng cướp của Luigi Vampa, cậu đã mời ân nhân về nhà tại