Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Its a Wonderful World, This Wonderful World, Subarashiki Konosekai, Subaseka, TWEWY. Hoàn thành nhiệm vụ… hay là bị xoá gương mặt. Đó là tất cả những gì Neku biết sau khi tỉnh dậy giữa ngã tư đường phố nhộn nhịp mà trong đầu không còn chút kí ức
TaMaGo là đứa trẻ đam mê môn bắn bi bằng robot , từ nhỏ mẹ mất sớm nên bố cậu đã gửi cậu cho chú của cậu và từ đó TaMaGo vẫn thường ra khu công trường để tập luyện bắn bi và quen dc 1 đám bạn qua 1 cuộc so tài với rất nhiều người cậu đã quen dc KaMa 1 người rất đam mê việc chế tạo robot bắn bi và như thế cuộc phiêu lưu của họ đã bắt đầu.
Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.
Tại một thế giới dưới lòng đất nào đó mang tên là Endra được chiếu sáng bởi Adamas khổng lồ. Một ngày nọ, Shun Asanaga - một học sinh trung học 15 tuổi người trên mặt đã vô tình chạm vào 1 tinh thể của người cha cũng là nhà khoa học mình và bị dịch chuyển đến Endra.