Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Mashiro Moritaka, một học sinh trung học rất nhàm chán với cuộc sống hiện tại và cả tương lai mờ mịt của mình, cậu chỉ duy nhất có tài năng vẽ. Bỗng đến một hôm, một người bạn cùng lớp tên Takagi Akito đã đề nghị cậu cùng hợp tác làm manga, do kinh nghiệm từ người chú của mình vốn cũng từng là một mangaka thất bại nên Mashiro đã rất đắn đo trước đề nghị này. Với sự giúp đỡ của Takagi, cậu đã giúp cho Mashiro tỏ tình với người mà Mashiro thích, Azuki Miho. Và với mong muốn sau này sẽ kết hôn với
Hikari Hanazono luôn luôn là thứ hai để Kei Takishima . Khi họ đã được sáu tuổi , người cha yêu thương pro – vật của họ giới thiệu họ với nhau . Giả sử rằng cô là tốt nhất trong đấu vật , trẻ Hikari thách thức Kei đến một trận đấu vật chỉ bị đánh bại hoàn toàn của ông .Kể từ đó cố định mệnh , Hikari đã thề đánh bại Kei trong các lớp học , sự kiện thể thao – bất cứ điều gì
kể về thế giới Shuffle, thiết lập mười năm trong tương lai. Gods, Demons, và con người tự do thăm các thế giới khác như đi du lịch ở nước ngoài, và sự lãng mạn trong không khí. Demons, vị thần, và con người với nhau đã rơi vào tình yêu và tạo ra những gia đình mới, phá vỡ các bức tường một khi tách chúng
Nijihara Ink, một cô nhóc cấp 3 với vóc dáng bé nhỏ, nhỏ đến nỗi rất hay bị nhầm tưởng với học sinh tiểu học. Trong lớp cô thích một cậu bạn tên Nao, nhưng do quá nhớn nên bị cậu này đối xử như trẻ con...