diễn ra trong các đô thị theo phong cách cyberpunk của thành phố Neo Saitama. Sau khi vợ và con của mình bị giết trong một cuộc chiến tranh giữa các ninja, Kenji Fujikido, đã bị ám ảnh bởi một linh hồn ninja bí ẩn được gọi là Naraku Ninja.
Trái Đất trong quá khú đã bị người ngoài hành tinh xâm chiếm. Trong khi lực lượng phòng thủ Trái Đất gần như thất bại, một thế lực bí ẩn lấy hình dạng con người xuất hiện và cứu nguy mọi người.
Cốt truyện của Gundam X nói về thời đại sau cuộc chiến tranh giành độc lập của các Colony, khi con người phải cố gắng tồn tại trong một thế giới bị ô nhiễm nặng nề vì hậu quả của cuộc chiến. Thế giới khắp nơi loạn lạc, các nhóm thu gom phế liệu Vulture nổi dậy. Và câu chuyện bắt đầu khi lời đồn về Newtype - những người được cường hóa sóng não trong thời chiến - trở lại, và sự xuất hiện của kẻ hủy diệt năm xưa: Gundam X. Gundam X lấy hệ thời gian là After War, và thời điểm bắt đầu là After War
Đã từ rất lâu, quốc gia này bị vây quanh bởi Đế Quốc Giadian, nơi chế tạo những drone được gọi là Legion. Sau nhiều năm nghiên cứu, Cộng Hòa đã chế tạo thành công những drone tự động, biến trận chiến 1 chiều thành cuộc chiến không thương vong—hoặc ít nhất thì đó là những gì chính quyền tự nhận.
Một câu chuyện về series Gundam đầu tiên của Tomino Yoshiyuki và Sunrise được viết bởi nhà thiết kế nhân vật – Yasuhiko Yoshihaku. Dự án phim dài 4 tập sẽ kể về câu chuyện của Casval Rem Deikun và Artesia Som Deikun (Char và Sayla trước khi Char được biết đến với cái tên Sao chổi đỏ) vào thời điểm trước Cuộc chiến 1 năm vào năm UC 0068.