Khi thế giới thông một cuộc cách mạng công nghiệp ở tầm cao mới, những thành tựu ngày càng không ngừng tiến bộ thì một con quái vật xuất hiện mà không thể đánh bại được trừ khi có thể bắn thủng trái tim bọc sắt của nó
Đã nhiều năm trôi qua kể từ khi loài người bị đẩy đến bờ vực tuyệt chủng bởi sự xuất hiện đột ngột của các dạng sống chưa từng được biết đến, Gadoll. Những người còn sống hiện đang ở bên trong một pháo đài di động cao 3000m, Deca-dence, được xây dựng để bảo vệ nhân loại khỏi Gadoll.
Câu chuyện kể về Sarasa, một cô gái mồ côi vừa tốt nghiệp trường đào tạo giả kim thuật của hoàng gia. Sau khi nhận được một cửa hàng biệt lập như phần thưởng từ giáo viên của mình, cô bắt đầu cuộc sống nhàn nhã mà bản thân đã mơ ước từ lâu với tư cách là một nhà giả kim.
Vào năm 2050, một kĩ sư trẻ tuổi tên là Derrida Yvain đã trở nên nổi tiếng nhờ vào việc chế tạo nên "Cỗ máy di động DZ" tại Rebuild - công ty do cha anh sáng lập. Nhưng vào một ngày nọ, Derrida và đồng nghiệp Nathan của mình đã phát hiện ra một lỗi cực nghiêm trọng của "DZ"s. Họ cố báo cáo với cấp trên của mình nhưng đã bị lờ đi.
Trong cuộc chiến tranh nổ ra giữa mối bất đồng ngoại giao giữa Đế Quốc Britannia và Nhật Bản, sau khi bị đánh bại Nhật đã trở thành một thuộc địa của Britannia và đổi tên thành Khu Vực 11, còn người nhật thì bị gọi Eleven, Lelouch Lamperouge tên thật là Lelouch Vi Britannia cùng em gái Nunnally Vi Britannia bị cha đưa sang Nhật.