Câu chuyện diễn ra trong thế kỷ 21. Do thực tế rằng ô nhiễm đã trở thành một vấn đề lớn, các nhà khoa học đã phát triển việc sử dụng nhiên liệu hydro được gọi là HBT như là một thay thế cho nhiên liệu hóa thạch. Vào thời điểm này, con người đã xâm chiếm sao Hỏa để tìm kiếm địa điểm mới để gọi về nhà là kết quả của sự bùng nổ dân số.
Cốt truyện của Gundam X nói về thời đại sau cuộc chiến tranh giành độc lập của các Colony, khi con người phải cố gắng tồn tại trong một thế giới bị ô nhiễm nặng nề vì hậu quả của cuộc chiến. Thế giới khắp nơi loạn lạc, các nhóm thu gom phế liệu Vulture nổi dậy. Và câu chuyện bắt đầu khi lời đồn về Newtype - những người được cường hóa sóng não trong thời chiến - trở lại, và sự xuất hiện của kẻ hủy diệt năm xưa: Gundam X. Gundam X lấy hệ thời gian là After War, và thời điểm bắt đầu là After War
Kazuma Kannagi bị coi là một kẻ vô dụng trong gia đình vì không thể lĩnh hội được Enjutsu, một khả năng điều khiển lửa. Sau khi thất bại trước Ayano Kannagi, một người cùng dòng họ trong buổi lễ chọn người thừa kế Enraiha, thanh kiếm được sử dụng bởi người đứng đầu gia đình, Kazuma đã bị đuổi đi. 4 năm sau đó, anh trở lại, giờ Kazuma đã lĩnh hội được Fūjutsu một khả năng có thể điều khiển gió. Không lâu sau khi trở về, anh đã gặp được Ayano và cậu em Ren, người cũng có năng khiếu bẩm sinh về
Ushio Hinomaru, một cậu học sinh năm nhất "nhỏ con", không phải thiên tài xuất chúng, không có may mắn trời ban cũng không xuất thân gia thế, chỉ có NGHỊ LỰC và KHỔ LUYỆN.
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.