Rean Schwarzer, một giáo sư tại Học viện quân sự Thors ở Đế chế Erebonian. Câu chuyện của anime sẽ tập trung vào phần phía tây của lục địa Zemurian có trong trò chơi
Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
Câu chuyện kể về anh chàng Yugo, một chuyên gia thương thuyết với mức độ thành công lên đến 99%. Trong phần đầu, anh sẽ phải đàm phán với những tên khủng bố đã bắt cóc một doanh nhân Nhật, câu chuyện diễn biến rất hấp dẫn tại Trung Đông. Trải qua giam cầm, tra tấn, cuối cùng anh đã gặp được trùm khủng bố.
Nhân vật chính của truyện, và lần đầu tiên trong sáu trình điều khiển chọn lựa chọn bởi Arcadia. Một cậu bé vô tư trẻ, những người đã rất lịch sự, và không bao giờ quên mỉm cười và cúi đầu ở bất cứ ai ông đã gặp, mặc dù ông thường xuyên hiển thị liều lĩnh mà gần như có được nó vào rắc rối.
Mong có được kỹ năng cần thiết để vượt qua người cha hùng mạnh, Baki đến Nhà tù bang Arizona và giao đấu với tên tù nhân khét tiếng mang danh "Phá Xích".