Cốt truyện sẽ xoay quanh thời đại tương lai, các nhà khoa học đã chế tạo ra “con người hoàn hảo” để bảo vệ hòa bình nhân loại. Nhưng những “con người hoàn hảo” ấy đã bị bắt cóc bởi một tổ chức tội phạm nhằm thực hiện một mưu đồ
30 năm sau UC 0153, giờ đây là thời điểm cuộc chiến giữa Liên Bang Trái Đất và Crossbone Vanguard. Phe Liên Bang đang dần yếu thế trước dã tâm xâm lược Trái Đất của Đế chế Zanscare. Chỉ có tổ chức League Militaire đứng lên tham chiến bằng vũ khí bí mật của họ, Victory Gundam.
Năm 1972, con người đã phát hiện ra một cổng dịch chuyển trên mặt trăng, nhờ đó đã có thể đi lại dễ dàng và phát triển một xã hội mới trên Sao Hỏa. Nhưng cũng từ đây chính là nguồn cơn tạo nên cuộc chiến tranh giữa hai hành tinh
Một nữ sinh tự sát và sau đó Lain nhận được mail từ cô gái đó bảo rằng cô ta vẫn chưa chết, chỉ là đang sống ở một thế giới gọi là Wired, nơi có Chúa ở đó. Một bộ phim ko dành cho những ai muốn thư giãn đầu óc với anime
Năm 2312 A.D. Bốn năm kể từ cuộc chiến cuối cùng của Celestial Being và Quân đội UN. Sau khi thiết lập một Tổ chức Liên Minh Toàn Cầu, một đội quân mang tên Arrows đã xuất hiện và hoạt động độc lập với Liên Minh Toàn Cầu, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại. Nhưng sự thật đằng sau việc hợp nhất ấy là sự đàn áp dã man những người chống đối chính phủ, các học thuyết gia và lý luận gia. Setsuna F. Seiei, sau khi thoát chết trong trận chiến bốn năm về trước, đã quay lại và tiếp tục chiến đấu cùng