Trong bối cảnh mà các nhà phát triển game lẫn game thủ chỉ quen thuộc với những thể loại kinh điển như chiến thuật (RTS), bắn súng (FPS), game mô phỏng thể thao,... thì Shenmue đã mang đến những định nghĩa và khái niệm mang tính đột phá
Câu chuyện kể về một cô gái tên là Ronja là người con gái của một tộc trưởng của một bộ lạc kẻ cướp và sống trong một lâu đài khổng lồ trong rừng với những tên cướp. Câu chuyện sau Ronja khi cô gặp những sinh vật huyền bí làm bạn bè với một đứa trẻ như mình, và trải nghiệm cuộc sống trong rừng.
câu chuyện của một cô gái trẻ mồ côi, Fena Houtman. Fena đã được lớn lên trên một hòn đảo, nơi không có hy vọng trở thành bất cứ điều gì khác hơn là chattel, bị sử dụng và vứt bỏ bởi những người lính của Đế quốc Anh. Nhưng Fena không chỉ là một đứa trẻ mồ côi không nơi nương tựa.
Trong thế kỷ thứ 25 , một tàu vũ trụ chở 300 người rời khỏi trái đất để tìm kiếm hành tinh mới trong hệ mặt trời , nhưng một tai nạn bất ngờ xảy ra . Họ đâm vào một hố đen được kết nối với một vũ trụ khác . Những người trên tàu, bị hút tới một hành tinh gọi là Ismo . Câu chuyện bắt đầu 12 năm sau khi họ đã ở lại Ismo 12 năm
Sau trận chiến với Doakuder tại Soukaizan (“khác” thế giới mà các cầu vồng đã biến mất vì các quỷ dữ), một thế giới quỷ ma quỷ đến Genseikai (thế giới của con người) và đã ăn cắp lương tâm của Wataru. Do đó, trái tim của Wataru của công lý và những kỷ niệm của mình là Kyuuseishu (đấng cứu thế giới) đã biến mất.