Câu chuyện xảy ra trong một thời đại mà các thảm hoạ nhiên thường xuyên diễn ra khắp thế giới, khi mà cyborg hay các robot tự động đang dần xuất hiện trên các thị trường của các quốc gia phát triển công nghệ cao, và các cường quốc đấu đá lẫn nhau vì công nghệ và tài nguyên. Khi đó, sự phân biệt giàu nghèo càng trở nên gay gắt hơn. Kẻ giàu thì trở nên kiêu ngạo,còn kẻ nghèo thì càng trở nên khốn khó hơn
Ba năm trước đây, một cửa ngõ giữa Trái Đất và Beyond mở hơn thành phố New York. Trong một đêm khủng khiếp, New York đã bị phá hủy và xây dựng lại, bẫy New York và các sinh vật extradimentional như nhau trong một bong bóng bất khả xâm phạm.
Trong tương lai con người bị một loài quái vật bí ẩn ”Designated Aberrant Disaster: Noise” tấn công. Nhóm song ca nổi tiếng ”Twei Wing” đã mặc những bộ giáp vũ trang thế hệ mới ”Symphogear” chiến đấu chống lại Noise bảo vệ Trái Đất.
Babylon là câu chuyện hồi hộp kịch tính xoay quanh Zen Seizaki, một công tố viên với Văn phòng Công tố viên quận Tokyo. Trong khi điều tra các hành vi bất hợp pháp của một công ty dược phẩm nọ, Seizaki tình cờ khám phá ra một âm mưu trong cuộc bầu cử cho một “khu vực tự trị mới” được thành lập ở tây Tokyo.
Trong thời kỳ loạn lạc cuối thời Mạc phủ Tokugawa, xuất hiện một sát thủ khiến thiên hạ đều phải khiếp sợ với danh xưng “Hitokiri Battousai”. Thời đại chuyển biến sang một trang sử mới, sát thủ lừng lẫy một thời cũng dần dần biến mất khỏi nhân gian và hắn cũng được thiên hạ mệnh danh là “Kẻ mạnh nhất” trong lịch sử.