Đảo Itogami là nơi con người chung sống với các sinh vật có phép thuật khác như ma cà rồng, người thú,…Akatsuki Kojou, một học sinh cao trung đã vô tình trở thành Shinso, ma ca rồng mạnh nhất, vì vậy nên anh phải chịu sự giám sát của một pháp sư là Himeragi Yukina.
Đất nước của những Samurai. Có một thời đất nước chúng tôi được gọi như vậy. 20 năm trước… Những kẻ ngoài hành tinh tự xưng là Amanto đột ngột đổ bộ xuống và thiết lập lệnh cấm mang kiếm. Samurai giờ đây bị khinh rẻ, coi thường. Trong thời đại như thế, vẫn còn một người đầy tinh thần samurai. Tên anh ta là Sakata Gintoki.
Khi bậc thầy sát thủ Usui Yuen dò xét một loạt các vụ ám sát được thực hiện đối với đại gia tộc samurai, Satsuma, anh đã gặp Kurima Raizo, thành viên và là người còn sống sót sau một trong những cuộc tấn công.
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
Chuyện về 2 cậu bạn Smile & Peco ở câu lạc bộ bóng bàn. Makoto Tsukimoto (nicknamed Smile) is a quiet high-schooler whos been friends with the loud and energetic Yutaka Hoshino (nicknamed Peco) since childhood.