Không có thành tích bóng đá nào để nói trong suốt những năm sơ trung của Sumire Suo, cô gái trẻ nhận được một lời đề nghị kỳ quặc. Đối thủ chính của Suo, Midori Soshizaki, mời cô tham gia vào cùng một đội ở trường cao trung, với lời hứa rằng sẽ không bao giờ để Suo “chơi một mình”.
Vào những năm đầu thời Chính Hóa (một thời đại giả tưởng), để ngăn chặn những "thông tin độc hại có thể gây ảnh hưởng xấu tới xã hội", Đạo Luật Cải Thiện Văn Hóa Phẩm đã được chính phủ Nhật thông qua, cho phép Hội Đồng Cải Thiện thả sức tiêu hủy các ấn phẩm mang nội dung gây bất lợi cho họ. Để bảo vệ quyền tự do của mình, các thư viện đã tự vũ trang, thành lập Lực Lượng Thư Viện. Mâu thuẫn giữa hai bên càng lúc càng leo thang.
Một ngày nọ, Digimon Xros Loader bỗng xuất hiện trước mặt Taiki, là 1 cậu bé có trái tim nhân ái, và nghe được tiếng kêu cứu của Shoutmon. Digimon Xros Loader có thể giúp cho Digimon tràn đầy năng lượng. Và Taiki được chọn làm General. Taiki và bạn mình rơi vào thế giới song song, thế giới số. Tại đó, xuất hiện những tên địch nhằm tiêu diệt Taiki và các bạn. Một cuộc chiến xảy ra, Taiki và Shoutmon với sức mạnh của Digimon Xros Loader chống lại kẻ địch.
Câu chuyện xoay quanh Yukiya, "có lẽ 14 tuổi". Cậu ta đã dành hầu hết thời gian của mình để chơi DJ. Do ảnh hưởng từ cha nên cậu đã nghe nhạc từ khi còn nhỏ và thường đăng tải những video lên mạng trực tuyến. Cậu luôn muốn truyền đạt "một thứ gì đó" cho "ai đó".
This series features an original story, which depicts the young geniuses Mei Kamino, a female researcher, and Yun Arikawa, a male engineer, as they take on an unprecedented threat with their companions. When danger comes up from the depths, only young geniuses Mei, Yun, and their team can face the threat in Godzilla Singular Point!