Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
Từ thời Edo đã tồn tại các đầu trường, mà tại đó các thương gia thuê đấu sĩ đấu tay không với nhau, bên nào thắng sẽ có tất cả. Tokita Ouma, biệt danh là “Ashura” tham gia đấu trường và đánh thắng tất cả các đấu thủ của mình. Khả năng đặc biết đè bẹp mọi đối thủ của cậu ta đã được các ông chủ tập đoàn lớn để ý, trong đó có chủ tịch tập đoàn Nogi Hideki.
12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người
Ushio Hinomaru, một cậu học sinh năm nhất "nhỏ con", không phải thiên tài xuất chúng, không có may mắn trời ban cũng không xuất thân gia thế, chỉ có NGHỊ LỰC và KHỔ LUYỆN.